Algunos afirman que Israel está cometiendo una "limpieza étnica" contra los palestinos. Aunque en el derecho internacional no existe una definición precisa de limpieza étnica, la acusación sugiere que Israel trabaja sistemáticamente para librar su territorio de palestinos, incluidos los ciudadanos árabes israelíes, mediante la fuerza o tácticas de intimidación con el fin de crear una sociedad homogénea. Esta es una acusación fundamentalmente inexacta.
En las últimas décadas se han producido numerosos episodios de campañas de limpieza étnica por parte de gobiernos —entre ellas contra los kurdos, varios grupos durante el conflicto de Bosnia, los darfurianos, los rohinyás, los uigures y otros— con el objetivo de expulsar o asimilar por la fuerza a estos grupos. Las acciones e intenciones de Israel sencillamente no entran en la misma categoría que estos horribles episodios de la historia de la humanidad.
En Israel, los ciudadanos árabes tienen plenos derechos de ciudadanía, con garantías de igualdad de trato. Las leyes e instituciones democráticas israelíes, incluyendo los tribunales independientes y la sólida prensa libre, defienden estos derechos y se pronuncian al respecto. Tampoco cabe duda de que los árabes israelíes sufren discriminación, al igual que otros grupos minoritarios en Estados Unidos y en todo el mundo. Aunque Israel debe mejorar el manejo de los problemas de prejuicios, discriminación, desigualdad y racismo institucionalizados, sus políticas y acciones no constituyen en modo alguno una limpieza étnica.
Y, aunque se puede criticar el trato que da Israel a los palestinos de Cisjordania y la Franja de Gaza, no existe ninguna ideología, movimiento, política o plan israelí significativo para exterminar o expulsar a la población palestina de esas zonas. Israel argumenta que sus políticas hacia los palestinos se basan en cuestiones de seguridad y en la necesidad de defender a su población frente a las amenazas terroristas. Tanto dentro como fuera de Israel, los críticos acusan a Israel de abusar de este razonamiento para justificar acciones duras. Aunque indudablemente estas políticas pueden ser examinadas e incluso condenadas, no constituyen una limpieza étnica.
No cabe duda de que existen dificultades relacionadas con la realidad de los judíos israelíes que se trasladan a barrios tradicionalmente palestinos de Jerusalén Este, y con los problemas legales, sociales y las desigualdades que enfrentan estos residentes árabes. Esta dinámica es complicada y está sujeta a la defensa y acción social internas y externas, pero etiquetarla como impulsada por una política de "limpieza étnica" local, o incluso nacional, es inexacto, sensacionalista y demonizante.